Assim, logo que se formou um núcleo populacional mais denso, provavelmente nos primeiros anos do século XIX, uma capela foi erigida às margens do Camanducaia e um pequeno vilarejo se formou. Uma inundação, por volta de 1815, obrigou a mudança da capela para a encosta, em terreno doado por João Bueno da Cunha, onde hoje se ergue a majestosa Catedral de Nossa Senhora do Amparo.
A esta altura é preciso que ressaltar que os proprietários bragantinos, que se instalaram na Vargem Grande e ao longo do Camanducaia, pertenciam à elite política da vila de Bragança, quase todos tendo ocupado cargos de vereador ou de juiz ordinário.
Ao mesmo tempo, sesmarias concedidas ao norte do Camanducaia, a Pedro Nunes e Silveira Franco, e a ocupação por posseiros (vários lugares no município tem o nome de “posse”), completaram o desbravamento da região. Isso atraiu levas de migrantes vindas de Bragança, Atibaia e Nazaré, aumentando rapidamente a densidade demográfica.
Em 1829 já havia uma população de três mil almas, espalhadas pelos sítios e fazendas dos vales do Camanducaia e do Jaguari. Alguns latifundiários e titulares de sesmarias já se destacavam pelo prestígio que a extensão de suas propriedades lhes dava: Felipe Pires de Ávila, na margem do Jaguari, onde seus descendentes fundaram Pedreira, Francisco da Silveira Franco e o ajudante Pedro Nunes, com sesmarias ao norte do Camanducaia, Francisco Xavier dos Passos e seus familiares, donos de vastas áreas a oeste da capela primitiva, que se estendiam até Duas Pontes, e Pantaleão Pedroso da Cunha, que deu nome ao bairro.
Em 1829 um ativo sacerdote, o Padre Roque de Sousa Freire, pertencente a uma família rica do Vale do Paraíba, se entusiasmou com nascente povoação e comandou um movimento pela ereção de uma capela curada no lugar (as capelas curadas eram sedes de distrito, o que daria a Amparo sua primeira estrutura administrativa). A 8 de abril desse ano foi expedida a competente provisão do Bispado e o Padre Roque foi nomeado primeiro cura da Capela de Nossa Senhora do Amparo.