Era filho de Joaquim Pio Pupo, este casado em Iguape com Luísa Delfina da Trindade Rocha (SL, 9:84, nota). Seu pai Joaquim Pio Pupo ocupava em 1863 o cargo de terceiro Juiz de Paz de Amparo.
Seu tio, o Dr. Francisco de Assis Pupo foi casado em Campinas com Rita Luísa Nogueira e teve fazenda em Amparo; o filho deste, seu primo Hermelino Pupo Nogueira foi Presidente da Câmara Municipal de Amparo na terceira legislatura, de 1865 a 1869; também eram seus parentes os coronéis João Belarmino Ferreira de Camargo e Pedro Penteado, que iriam liderar a política amparense no começo do século XX.
Um outro tio, João Crisóstomo Pupo, também era fazendeiro de café em Serra Negra nessa época. (Almanak da Província de São Paulo para 1873, p. 427) Também foi seu tio, por afinidade, o vereador Manuel Fernandes Palhares, casado com sua tia Teresa Maria de Jesus Pupo.
Em 13/7/1865 Joaquim Pio Pupo Junior foi nomeado pela Câmara Inspetor de Caminho (atas, 1:187v). Joaquim Pio Pupo Júnior era fazendeiro de café e algodão em Amparo em 1873. (Almanak da Província de São Paulo para 1873, p. 421)
Em 7/1/1881 foi empossado como um dos vereadores eleitos para o quatriênio 1881 a 1885 (Atas, 4:47). E em 15/2/1883 tomou posse como 4º Juiz de Paz. (Atas, 4:116v)